일본 지점·자회사 설립 절차｜주식회사·합동회사 등기

2026년 10월 31일 기준 · 행정서사 호리우치 유키코

안녕하세요. 호리우치 행정서사 사무소의 행정서사 호리우치 유키코입니다.

「한국 본사는 그대로 두고 일본에 거점을 만들고 싶은데, 지점과 자회사 중 어느 쪽이 좋을까요?」 일본 진출을 준비하시는 한국 기업 담당자분들께 자주 받는 질문입니다. 어느 쪽을 고르느냐에 따라 등기 절차, 한국에서 준비할 서류, 일본에 오실 분의 비자가 달라집니다.

이번 글에서는 한국 기업이 일본에 지점·자회사를 세우는 절차를, 한국에서 준비할 서류와 외환법 신고까지 포함해 함께 알아보겠습니다.

1. 지점과 자회사는 무엇이 다른가요?

가장 큰 차이는 일본 사업의 책임을 누가 지느냐입니다. 지점은 한국 본사가 그대로 일본에서 영업하는 형태라 계약·채무 책임을 본사가 집니다. 자회사는 일본 회사로 독립되어 있어 책임이 원칙적으로 출자액 범위로 한정됩니다.

항목	지점	자회사(주식회사·합동회사)
법적 위치	한국 본사의 일부	독립된 일본 회사
등기	외국회사 등기	회사 설립 등기
책임 범위	본사가 짐	원칙적으로 출자액까지
자본금	없음(지점 자체의 자본금은 없음)	회사법상 1엔부터
대표자	일본에서의 대표자 중 1명 이상은 일본에 주소 필요	일본에 살지 않는 분도 대표자 가능
일본 세금	일본에서 생긴 소득에 과세	자회사의 소득에 과세

거래처·금융기관의 신뢰, 앞으로의 사업 확장, 철수할 때의 절차까지 생각하면 자회사를 선택하는 기업이 많은 편입니다. 일본에서 영업하지 않고 시장 조사만 한다면 등기가 필요 없는 주재원 사무소도 선택지입니다. 형태별 비교는 「일본 진출 형태와 주재원 비자｜사무소·지점·법인 비교」에서 자세히 소개하고 있습니다.

2. 일본 지점은 어떻게 설치하나요?

일본 지점은 법무국에서 「외국회사 등기」를 해서 설치합니다. 등기를 마치기 전에는 일본에서 계속적인 거래를 할 수 없습니다.

등기할 내용은 한국 본사와 성격이 가장 비슷한 일본 회사(대부분 주식회사)를 기준으로 정리하고, 여기에 지점 소재지, 일본에서의 대표자 등 외국회사에만 있는 사항을 더합니다. 일본에서의 대표자 중 적어도 1명은 일본에 주소가 있는 분이어야 합니다.

1. 등기할 내용(상호, 지점 소재지, 일본에서의 대표자 등)을 정한다
2. 지점 사무실을 확보한다
3. 한국에서 회사 개요와 지점 설치에 관한 선서진술서를 작성해 인증을 받는다
4. 선서진술서 등의 일본어 번역을 준비한다
5. 법무국에 외국회사 등기를 신청한다
6. 등기사항증명서를 받아 은행 계좌 개설, 세무서 등 신고를 진행한다

3. 일본 자회사 설립은 어떤 순서인가요?

일본 자회사는 한국 본사가 출자자(발기인)가 되어 일본의 주식회사 또는 합동회사를 설립합니다. 법무국에 설립 등기를 신청한 날이 회사 설립일입니다. 주식회사의 경우 주요 순서는 다음과 같습니다.

1. 회사 개요(상호, 사업 목적, 본점 소재지, 자본금, 임원)를 정한다
2. 한국에서 본사 등기사항증명서, 선서진술서, 대표자 서명증명서를 준비한다
3. 정관을 작성해 공증사무소에서 인증을 받는다(합동회사는 인증 불필요)
4. 자본금을 일본 은행 계좌에 납입한다
5. 법무국에 설립 등기를 신청한다(이날이 설립일)
6. 법인 계좌 개설, 세무서·사회보험 신고, 외환법 절차를 진행한다

가장 막히기 쉬운 부분이 자본금 납입입니다. 납입처는 원칙적으로 일본 국내 은행 계좌라서, 임원이나 발기인 중에 일본 계좌를 가진 분이 없다면 누구의 계좌를 쓸지 가장 먼저 정해 두어야 합니다.

4. 한국에서 준비할 서류는?

지점이든 자회사든, 한국 본사가 실제로 있다는 것과 대표자에게 권한이 있다는 것을 보여 주는 서류를 한국에서 준비합니다. 크게 나누면 다음 3가지입니다.

한국어 서류에는 일본어 번역을 붙입니다. 한국 서류는 발급과 인증에 시간이 걸려 전체 일정을 좌우하는 경우가 많습니다. 필요한 서류는 회사 상황에 따라 달라집니다. 저희 사무소에서는 상황에 맞는 서류 리스트와 필요 작성양식을 함께 안내해 드리고 있습니다.

5. 외환법 신고가 필요한가요?

한국 회사가 일본에 자회사를 만들거나 지점을 두는 것은 일본 외환법(外為法)상 「대내 직접투자 등」에 해당합니다. 대부분의 업종은 설립 후 일본은행을 통해 사후 보고를 하면 되지만, 안전보장과 관련된 일부 업종은 사전 신고와 심사 기간이 필요합니다.

6. 일본에 보낼 직원의 비자는?

일본 거점에서 일할 분에게는 그 분의 역할에 맞는 재류자격이 필요합니다. 거점 등기를 마쳤다고 비자가 자동으로 나오는 것은 아닙니다.

• 경영관리: 일본 지점·자회사의 대표자나 지점장으로 경영·관리를 맡는 분. 2025년 10월 16일 개정으로 자본금 등 3,000만 엔 이상, 상근 직원 1명 이상 등의 요건이 더해졌습니다(「일본 경영관리비자 새 요건 총정리【2026년】」).
• 기업내전근: 한국 본사 등에서 1년 이상 계속 근무한 직원을 일본 지점·자회사에 기간을 정해 파견하는 경우.

어떤 재류자격이 되느냐에 따라 거점에 필요한 규모나 자금도 달라집니다. 거점 형태를 정하는 단계에서 누구를 어떤 비자로 일본에 보낼지까지 함께 계획해 두시면, 나중에 계획을 다시 짜지 않아도 됩니다.

자주 묻는 질문

지점을 나중에 자회사로 바꿀 수 있나요?
지점을 그대로 자회사로 조직 변경할 수는 없습니다. 자회사를 새로 설립하고 지점을 폐쇄하는 절차를 따로 진행합니다.

설립까지 얼마나 걸리나요?
한국 서류 준비를 포함해 지점은 약 2개월, 자회사는 2~3개월 정도가 기준입니다(JETRO 안내 기준).

자회사 대표자가 한국에 살아도 되나요?
네, 회사법상 가능합니다. 다만 은행 계좌 개설과 일상 운영을 생각하면 일본에 사는 임원이나 담당자가 있는 편이 절차를 진행하기 쉽습니다.

함께 읽어 보시면 좋은 글

• 일본 회사설립부터 경영관리비자까지의 흐름
• 일본 진출 형태와 주재원 비자｜사무소·지점·법인 비교

마무리

한국 기업의 일본 진출은 지점과 자회사 중 무엇을 고를지 정하는 데서 시작합니다. 그다음 한국 서류, 외환법 신고, 일본에 보낼 분의 비자를 함께 계획하면 거점 준비를 훨씬 수월하게 진행할 수 있습니다.

저희 사무소에서는 정관 등 서류 준비부터 재류자격 신청까지 한 번에 지원하고 있습니다(등기 신청은 제휴 사법서사가 담당합니다). 회사 설립과 경영관리비자는 「일본 회사설립·경영관리 비자 신청 절차와 서비스 안내」, 일본 거점에 직원을 보내는 주재원(기업내전근) 비자는 「일본 주재원 비자 (기업내전근) 신청 절차와 서비스 안내」에서 자세히 확인하실 수 있습니다.

이 글이 일본 거점 설립을 준비하실 때 조금이나마 도움이 되었으면 좋겠습니다. 궁금한 점이 있으시면 편하게 문의해 주세요.